Comuna Fantanele a fost infiintata la 13 iunie 1588, cand Mihnea Turcitul intareste lui Nica, fost mare armas, si jupanitei lui, Maria, aceasta asezare, fosta a Craiovestilor, in urma unor judecati. Satul este cu mult mai vechi, el existand in secolul al XV-lea si chiar mai inainte, intrucat acelasi document mai precizeaza ca Fantanele „este veche si dreapta ocina si de mostenirea lor agonisita si cumparata de raposatul Parvu Ban”.
Numele comunei Fantanele vine de la numarul mare de izvoare ce tasneau de la poalele malului ce formeaza valea Dunarii , cunoscute sub numele de „fantanite” sau „fantanele”. Mai tarziu aceste izvoare , care tasneau in mod natural de sub mal, au fost amenajate prin canalizari si bazine de piatra, dandu-li-se diferite denumiri : „La tuturca” sau „Fantana lui Tudorcea”, dupa numele celui care a amenajat-o, ceea ce a contribuit la formarea nucleului acestei asezari omenesti.
Vatra satului a fost pe malul dinspre nord al Baltii Suhaia, pana in anul 1930, cand au inceput sa se faca modificari ale vetrei satului, locuitorii mutandu-se la ses, in campie, de-a lungul soselei Zimnicea-Turnu Magurele.
In perioada 1960-2004 comuna a fost transformata in sat, apartinand de Suhaia.
La data de 19 aprilie 2004 s-a infiintat comuna Fantanele prin Legea nr. 84/2004.
In prezent comuna se afla asezata in intregime la ses, pe o lungime de 3 km si o latime care variaza intre 200 si 300 metri.